L’essentiel de l’enseignement repose sur l’apprentissage des techniques de combat à mains nues (coups sur les points vitaux, saisies, clés, projections, étranglements, luxations, pressions, contrôles…) mais on y trouve également des techniques avec et contre armes (sabre, couteau, bâtons, chaîne, corde, lance, pistolet, hallebarde…) ainsi que de la stratégie, des méthodes d’évasion et un travail complet sur soi-même.
Afin de permettre à chacun d’aborder l’étude des 9 écoles du Bujinkan, Hatsumi Sensei a dû formaliser son enseignement en créant un programme spécifique, tronc commun reprenant l’essentiel des techniques contenues dans les écoles et qui constitue la base de l’enseignement du Bujinkan, à savoir :
Ainsi qu’une soixantaine d’enchaînements codifiés (Kata), issus des 9 écoles du Bujinkan.
Chaque enchaînement porte un nom et est transmis depuis plusieurs générations dans l’école. Il contient un ou plusieurs principes importants à travailler. Etudier tous ces enchaînements nous amène donc à travailler de multiples réactions possibles face à toutes sortes d’attaques (saisie, frappe, tentative de projection…).
Enfin, l’apprentissage des armes s’effectue au fur et à mesure de la progression.